La construcción de la Estación de Tren de Pirayú comenzó en 1864, donde la dirección de obras fue llevada a cabo por Alonso Taylor y con colaboración de Benigno Abesada. Además también trabajó en la construcción Elizardo Aquino, jefe militar y experto técnico constructor y que años más tarde durante la Guerra de la Triple Alianza lograría alcanzar el rango de General.

La vía férrea comunicaba a la estación de Pirayú con la de Guazú Virá (Ypacaraí) y luego con la de Cerro León (actualmente destruída). Fue una gran prueba de la prosperidad de la nación paraguaya en su momento.

Se trata de una de las estaciones que arquitectónicamente se diferencia radicalmente con respecto a las demás del interior del país, puesto que fue la única que tenía dos torres. Se aprovechaba la altura de las mismas para ser utilizadas como torres vigías para observar todo el valle circundante y las cordilleras; pero que no solo daba una utilidad estratégica sino una belleza diferente y única.